Maaliskuussa 1988 esiteltiin uusi Passat, jossa oli edeltäjistään poiketen poikittaismoottori. Niinpä tarjolla oli vain nelisylinterisiä, 1,6-, 1,8- ja 2,0-litraisia moottoreita (72 - 136 hv). Malli oli jälleen kasvanut ja tarjosi nyt esim. Opel Omegan tasoiset sisätilat. Korimallit olivat porrasperä ja farmari. Muotoilu oli raskaan näköinen, mutta ilmanvastus alhainen, 0,29. Maskissa ei ollut mitään säleikköä, vain iso VW-merkki, jonka läpi moottori otti ilmansa. 

Uuden Passatin myynti nousi entistä 200 000:n tasosta 350 000:aan autoon vuodessa. Sen pahimpia kilpailijoita oli oman konsernin Audi 80, joka oli pienempi ja edustavampi. Passat oli kokoluokaltaan välikokoinen: se oli Sierraa ja Asconaa suurempi, mutta Scorpiota ja Omegaa pienempi. Moottorivalikoima ja varustelu sijoittivat Passatin lähinnä alempaan luokkaan.

Vuosina 1989-1990 moottorivalikoima täydentyi monilla uusilla vaihtoehdoilla. Suurimmat uutuudet olivat 1,9-litraiset dieselit ja 2,8-litrainen VR6, joka oli tavanomaista rivimoottoria lyhyempi ja näin ollen sopi poikittain keulalle. Nelivetoiseen Syncro-malliin tuli tarjolle mekaanisesti ahdettu 1,8-litrainen G60-moottori. Aluksi 1,8-litraisiin painottunut perusmoottorivalikoima laajeni ylöspäin, kun tarjolle tuli 2,0-litrainen 115-hevosvoimainen.

Syksyllä 1993 Passat koki mittavan uudistumisen. Volkswagen puhui jopa neljännen sukupolven Passatista. Keulassa oli nyt perinteinen maski, perä oli muotoiltu uudestaan ja kyljistä oli poistunut aikaisempi prässäys. Koria oli myös jäykistetty ja turvavarustelu oli aikaisempaa parempi. Sisustuksessa ja tekniikassa uudistukset olivat vähäisempiä. Uusia moottorivaihtoehtoja olivat 90-hevosvoimainen TDI ja 150-hevosvoimaiseksi tehostettu 2,0 16V. Tämän Passat-sukupolven loppumetreillä 1996 tuli tarjolle myös 110-hevosvoimainen versio suuren suosion saavuttaneesta TDI-moottorista.